• Vắc-xin tiêm ngừa chống vi trùng [3]:

Phòng bệnh viêm não Nhật Bản tốt nhất là bằng cách tiêm vaccin phòng viêm não Nhật Bản để tạo nên miễn dịch cho trẻ em ở một số nước châu Á, nơi có bệnh lưu hành. Hiện nay chưa có biện pháp điều trị đặc hiệu đối với bệnh viêm não Nhật Bản nên biện pháp phòng bệnh vẫn là giải pháp cần thiết.

Có thể phòng bệnh bằng cách mặc áo quần bảo hộ, dùng hóa chất xua muỗi, lưới bảo vệ nhà cửa, màn chống muỗi, hương xua muỗi và tránh các hoạt động ở ngoài trời vào buổi chiều khi không cần thiết. Việc dùng hóa chất phun tồn lưu nhà cửa, chuồng gia súc ở các vùng nông thôn để phòng chống muỗi Culex, trung gian truyền bệnh viêm não Nhật Bản thường không có hiệu quả do tập tính đốt người và trú ẩn ngoài nhà của loài muỗi này. Ở một số vùng, có thể phòng chống bệnh bằng cách thả cá ăn bọ gậy, biện pháp làm hạn chế nơi muỗi đẻ trứng ở ruộng lúa và hệ thống mương máng. Việc phun hóa chất để diệt muỗi trú ẩn ngoài trời chỉ áp dụng khi xảy ra dịch. Ở những vùng có bệnh viêm não Nhật Bản lưu hành, cần nhốt gia súc và làm chuồng gia súc cách xa nhà ở; đặc biệt là đối với loài lợn.